쇠고기-한우산업 FTA 발효 전 피해 예상 도체와 이분도체 냉장육(HS2011000000) 등 6개 세번의 수입관세를 현행 40％에서 연차적으로 낮춰 FTA 발효시점으로부터 15년이 지나면 무관세화하기로 했다. 이들 쇠고기의 수입량이 늘어 국내 소 산업에 피해가 예상되면 우리 정부는 SG(세이프가드·긴급수입제한)를 발동하기로 합의했다. SG는 협정 발효 15년차까지만 가능하며, SG를 발동하면 5년차까지는 100％, 6~10년차에는 75％, 11~15년차에는 60％의 관세를 부과할 수 있다. 그러나 우리 정부가 미국산 쇠고기에 대해 SG를 발동하기는 쉽지 않을 것으로 예상된다. SG를 발동하려면 1년차의 경우 쇠고기 수입량이 27만t에 달해야 하고, 2년차엔 27만6,000t, 3년차엔 28만4,000t 등 매년 6,000t씩 수입량이 늘어야 하기 때문이다. 그동안 우리나라가 미국으로부터 쇠고기를 가장 많이 수입했던 것은 2002년 22만t가량이다. 미국산 쇠고기 수입금지 직전인 2003년엔 19만9,000t을 수입했다. 전문가들은 앞으로 호주·뉴질랜드·멕시코·캐나다 등으로부터 쇠고기를 전혀 수입하지 않고 미국에서만 사들인다고 가정해도 SG 발동 요건을 충족하기가 어려울 것으로 내다봤다. 따라서 미국산 쇠고기에 대한 SG가 ‘빛 좋은 개살구’에 불과하다는 지적도 제기되고 있다. 특히 우리 정부가 FTA(자유무역협정) 협상에서 공식의제가 아닌 뼈 있는 쇠고기까지 수입하겠다는 약속을 하는 등 위생검역기준을 대폭 양보한 것으로 알려져 미국산 쇠고기의 전면 수입 시기가 앞당겨질 가능성이 높고, 한우산업은 FTA 발효가 되기 전에 피해를 입기 시작할 것으로 우려되고 있다. 게다가 육류의 원산지표시 적용기준을 가축 사육국이 아닌 도축국으로 하자는 미국 측의 요구를 받아들인 점도 문제로 지적되고 있다. 미국이 멕시코 등으로부터 생우를 들여와 100일 이상 사육해 도축하면 우리는 이를 미국산 쇠고기로 인정해 관세상의 혜택을 부여하게 되는 것이다. 이는 미국이 제3국을 통해 물량을 확보해 한국에 수출할 수 있도록 편의를 봐준 셈이어서 논란이 예상된다. 이 밖에 육우와 족·꼬리, 쇠고기 가공품의 관세도 15년에 걸쳐 완전 철폐된다.